Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST

Quali sono i modelli utilizzati nell'analisi filogenetica e cosa comporta esattamente l'analisi evolutiva bayesiana utilizzando metodi di Markov chain Monte Carlo (MCMC)? Come si possono scegliere e applicare questi modelli, quali parametriche e priors hanno senso, e come si può diagnosticare il MCMC bayesiano quando le cose vanno male? Queste sono solo alcune delle domande a cui risponde questa panoramica completa degli approcci bayesiani alla filogenetica. Questa guida pratica:

• Affronta gli aspetti teorici del campo
• Consiglia su come preparare e svolgere l'analisi filogenetica
• Aiuta a interpretare le analisi e a visualizzare le filogenesi
• Descrive l'architettura del software
• Aiuta a sviluppare estensioni di BEAST 2.2 per consentire ulteriori estensioni di questi modelli.

Con un sito web di supporto che fornisce file di esempio e tutorial, questo riferimento completo per l'applicazione dei più recenti modelli filogenetici in BEAST 2 fornirà indicazioni essenziali per tutti gli utenti – da coloro che utilizzano strumenti filogenetici a biologi computazionali e statistici bayesiani.