High-Performance Computational Solutions in Protein Bioinformatics.

Les développements récents en informatique permettent d'utiliser efficacement des algorithmes auparavant jugés trop chronophages pour des applications en bioinformatique et en sciences de la vie. Ce travail se concentre sur les protéines et leurs structures, la recherche de similarités de structures protéiques à différents niveaux de représentation, ainsi que sur diverses techniques pouvant être utilisées pour accélérer ces recherches de similarités. Divisé en quatre parties, la première partie propose un modèle formel des structures protéiques 3D pour la génomique fonctionnelle, la bioinformatique comparative et la modélisation moléculaire. La deuxième partie se concentre sur l'utilisation du multithreading pour une recherche approximative efficace sur les structures secondaires des protéines. Les troisième et quatrième parties se concentrent sur la recherche de similarités de structures protéiques 3D avec le soutien des GPU et du cloud computing. Les parties trois et quatre décrivent toutes deux l'accélération de différentes méthodes. Le texte sera d'un intérêt particulier pour.