Genomsequenzierung mittels Ion Torrent PGM-Plattform

La décomposition de la biomasse morte est une tâche essentielle dans la nature et constitue la base de nouvelles ressources nutritives. En plus des bactéries, les champignons sont considérés comme des décomposeurs importants dans l'écosystème. La dégradation du bois dans les forêts tempérées est principalement effectuée par des basidiomycètes. Dans le cadre de ce travail, le génome du basidiomycète dégradant le bois Mycena epipterygia a été séquencé et annoté. Afin de caractériser le mécanisme de dégradation enzymatique du matériau bois, l'accent a été mis sur l'identification de protéines sécrétoires sélectionnées. En particulier, des enzymes ligninolytique ont été examinées. Ces données sont significatives pour les domaines de recherche médicale et thérapeutique, dans la biotechnologie environnementale pour le nettoyage écologique des pollutions ou la production de biocarburants. Le génome de M. epipterygia a été étudié pour la première fois dans cette étude. Pour l'analyse des données génomiques, des logiciels bioinformatiques récents ont été utilisés. Les résultats ont été comparés à l'aide de bases de données internationales avec des champignons sélectionnés.