Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST

Quels sont les modèles utilisés dans l'analyse phylogénétique et qu'est-ce qui est impliqué dans l'analyse évolutive bayésienne utilisant des méthodes de Monte Carlo par chaînes de Markov (MCMC) ? Comment pouvez-vous choisir et appliquer ces modèles, quelles paramétrisations et priors ont du sens, et comment pouvez-vous diagnostiquer le MCMC bayésien lorsque les choses ne se passent pas comme prévu ? Ce ne sont là que quelques-unes des questions auxquelles répond cette vue d'ensemble complète des approches bayésiennes en phylogénétique. Ce guide pratique :

• Aborde les aspects théoriques du domaine
• Conseille sur la préparation et la réalisation de l'analyse phylogénétique
• Aide à l'interprétation des analyses et à la visualisation des phylogénies
• Décrit l'architecture logicielle
• Aide à développer des extensions de BEAST 2.2 pour permettre une extension supplémentaire de ces modèles.

Avec un site web d'accompagnement fournissant des fichiers d'exemple et des tutoriels, ce guide de référence unique pour l'application des derniers modèles phylogénétiques dans BEAST 2 fournira des conseils essentiels pour tous les utilisateurs – des utilisateurs d'outils phylogénétiques aux biologistes computationnels et statisticiens bayésiens.