High-Performance Computational Solutions in Protein Bioinformatics.

Jüngste Entwicklungen in der Informatik ermöglichen es, Algorithmen, die zuvor als zu zeitaufwendig angesehen wurden, nun effizient für Anwendungen in der Bioinformatik und Lebenswissenschaften zu nutzen. Diese Arbeit konzentriert sich auf Proteine und deren Strukturen, die Suche nach Ähnlichkeiten in Proteinstrukturen auf den wichtigsten Darstellungsebenen sowie verschiedene Techniken, die zur Beschleunigung von Ähnlichkeitssuchen eingesetzt werden können. Die Arbeit ist in vier Teile gegliedert: Der erste Teil bietet ein formales Modell von 3D-Proteinstrukturen für funktionale Genomik, vergleichende Bioinformatik und molekulare Modellierung. Der zweite Teil konzentriert sich auf die Nutzung von Multithreading für effiziente ungefähre Suchen in sekundären Proteinstrukturen. Die dritten und vierten Teile befassen sich mit der Suche nach Ähnlichkeiten in 3D-Proteinstrukturen mit Unterstützung von GPUs und Cloud-Computing. Die Teile drei und vier beschreiben beide die Beschleunigung verschiedener Methoden. Der Text wird von Interesse sein für.