Sequence Alignment and HMM

Die DNA-Forschung ist seit Jahren etabliert. Wissenschaftler haben die Struktur von DNA und Proteinen entdeckt. Als Ergebnis dieser Studien wurden die DNA-Sequenzen vieler lebender Organismen identifiziert. Im Laufe der Zeit haben DNA-Analysen und Proteinanalysen zunehmend an Bedeutung gewonnen. Mit der Entwicklung von Software und künstlicher Intelligenz hat sich die computergestützte Biologie als eine sehr beliebte Disziplin herausgebildet. Die Sequenzanpassung erfordert einen Vergleich von zwei oder mehr Sequenzen. Ziel dieses Vergleichs ist es, Ähnlichkeiten zwischen den Sequenzen zu beobachten. Diese Ähnlichkeiten weisen auf Strukturen hin, die dieselben Funktionen haben. In der computergestützten Biologie gibt es viele Anwendungen der Sequenzanpassung. Die biologische Sequenzanpassung steht im Mittelpunkt der Bioinformatik. Ziel dieses Buches ist es, eine globale paarweise Sequenzanpassung und eine Datenbanksuche mithilfe der versteckten Markov-Methode zu implementieren. Aufgrund der Struktur des Problems kann es durch dynamische Programmierung gelöst werden. Allerdings hat diese Methode eine Schwäche, die zu übermässigem Speicherverbrauch führen kann, wenn alle Möglichkeiten erkundet werden. Andererseits bewerten stochastische Methoden die Ergebnisse gemäss einem Modell.