Bayesian Evolutionary Analysis with BEAST

Was sind die Modelle, die in der phylogenetischen Analyse verwendet werden, und was genau ist an der bayesianischen evolutionären Analyse unter Verwendung von Markov-Ketten-Monte-Carlo (MCMC)-Methoden beteiligt? Wie können Sie diese Modelle auswählen und anwenden, welche Parametrisierungen und Priors sind sinnvoll, und wie können Sie Bayesian MCMC diagnostizieren, wenn etwas schiefgeht? Dies sind nur einige der Fragen, die in diesem umfassenden Überblick über bayesianische Ansätze zur Phylogenetik beantwortet werden. Dieser praktische Leitfaden:

• Behandelt die theoretischen Aspekte des Fachgebiets
• Gibt Ratschläge zur Vorbereitung und Durchführung phylogenetischer Analysen
• Hilft bei der Interpretation von Analysen und der Visualisierung von Phylogenien
• Beschreibt die Softwarearchitektur
• Unterstützt die Entwicklung von BEAST 2.2-Erweiterungen, um diese Modelle weiter auszubauen.

Mit einer begleitenden Website, die Beispieldateien und Tutorials bereitstellt, wird dieses umfassende Nachschlagewerk zur Anwendung der neuesten phylogenetischen Modelle in BEAST 2 allen Nutzern – von denen, die phylogenetische Werkzeuge verwenden, bis hin zu computergestützten Biologen und bayesianischen Statistikern – wesentliche Orientierung bieten.